Во-вторых, значение Ct
не прямо пропорционально логарифму количества определяемой последовательности. Строго говоря, они вообще не находятся в пропорциональном отношении. Но это не имеет отношения к сути вопроса.
Мы именно и хотели проверить, что среди применявшихся и применяемых (именно так — раньше и сейчас) тест-систем нет таких, которые оперируют на циклах амплификации выше 40, и обратить пристальное внимание на системы, где выше 35 циклов. Например, сообщается, что в тестах «Drosten PCR test» количество циклов, требуемых для различения результата, равно 45. В цикле лекций «Covideo: вся правда о COVID-19 от ученых Академгородка», сделанном при поддержке Фонда президентских грантов, Михаил Карташов (вирусолог, лауреат Ордена Пирогова, НГУ) сообщает (
https://youtu.be/navkgwrS9Cg?t=1090), что «общее количество циклов при ПЦР составляет от 40 до 45». Ранее в этом же видео (
https://youtu.be/navkgwrS9Cg?t=824) амплификатор для теста на коронавирус без комментариев программировался на 50 циклов. Росздравнадзор ответил неопределённо «как правило, не выше 40». Или всё-таки «от 40 до 45»? Если оба утверждения верны, то утверждение Росздравнадзора сужается до «как правило, 40, иногда выше». Когда от тестов зависит, будут нас вынуждать «вакцинироваться» или нет, отстранять от работы или нет — нам нужны конкретные ответы, а не «в целом» и «как правило».
Наша озабоченность связана с тем, что цифра 40 во многих источниках является крайней границей для оценки надёжности тестов. В руководстве MIQE (
https://www.gene-quantification.de/miqe-bustin-et-al-clin-chem-2009.pdf) указано «Cq выше 40 находятся под подозрением, поскольку предполагают низкую эффективность теста, и, в общем случае, полученные результаты не рекомендуется выносить на суд научной общественности». Изобретатель технологии ПЦР Кэри Муллис
утверждал «Если вам нужно более 40 циклов, чтобы размножить ген, присутствующий в единственном экземпляре, то что-то серьёзно не так с вашей ПЦР» (цитата по книге «PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications», MichaelA. Innis, DavidH. Gelfand, JohnJ. Sninsky, ThomasJ. White). Стивен Бастин (Stephen A. Bustin), всемирно известный эксперт по количественной ПЦР и автор книги «A-Z of Quantitative PCR», утверждает, что «озабоченность в смысле надёжности результатов должны вызывать любые тесты с Cq выше 35».
Как видим, информация о количестве циклов амплификации сама по себе говорит о надёжности тест-системы. В Вашем ответе, однако, сделано очень ценное замечание о том, что сравнение Ct для разных систем не имеет смысла. Полностью с этим согласны, поэтому мы и задали вопрос № 4 — что стоит за каждым Ct, как выбран предел обнаружения. Поэтому вопросы № 3 и № 4 можно объединить. Применительно к наборам реагентов для ПЦР-тестирования, нам нужен их простой список, например, из 73 позиций (по состоянию на 28 сентября 2021 года) с указанием количества циклов и предела обнаружения (количества в пробе искомого РНК, позволяющего давать ковид-положительный результат теста) за подписью уполномоченного государственного чиновника — что-то, с чем можно приходить в суд для оспаривания «коронавирусной» статистики и мер, на ней основанных.